Машины начинают последний решающий штурм единственного города людей – Зеона. Сил защитников города не хватит на то, чтобы отразить этот натиск, им остается только умереть, защищая свой город. Нео решает отправиться в сердце города Машин, чтобы не допустить падения Зеона и выполнить предначертанное ему. Теперь уже не Матрица контролирует Смита, а Смит контролирует Матрицу, он вышел из под контроля Машин. Если Нео сможет противостоять Смиту, то у людей и у Зеона появится шанс уцелеть, если же Нео не справится – все будет кончено.

Будущее наступило. Человечество пережило третью мировую войну, чтобы не допустить четвертой мировой человечество решило отказаться от самого дорогого – от чувств. Все беды человеческие от чувств, так было решено. Теперь с помощью специального химического соединения, которое каждый гражданин обязан ежедневно вводить в свой организм, все чувства убиты. Любовь, страх – теперь это пережитки прошлого. Но остались люди, которые решили не отказываться от чувств, они «чувствующие», они вне закона. Их ищут хранители, люди стоящие на страже существующего порядка. Но что если среди хранителей тоже появятся те, кто могут чувствовать…