Действия фильма разворачиваются спустя двенадцать лет, с того времени, как житель пустыни Пол Муад-Диб Атрейдес решил подчинить своей власти всю Империю. Спустя двенадцать лет все известные планеты оказались в руках Пола, и он стал единоличным правителем Империи. Барон Харконнен не отказался от своих планов прибрать власть к своим рукам. Теперь барон хочет расправиться с детьми Пола и тем самым заполучить власть над Империей. Судьба Дюны теперь в руках сына Пола, в борьбе с бароном ему помогут его сверхъестественные способности.

На орбите планеты Солярис находится исследовательская станция, на которой, с недавнего времени, стали происходить странные события. Для расследования происходящего, на станцию отправляется психолог Крис Кельвин. Попав на станцию, он узнает о том, что руководитель станции, с которым Крис был в дружеских отношениях, погиб при весьма странных обстоятельствах. Весь остальной персонал станции находится в состоянии, близкому к умопомешательству. Вскоре и с самим Крисом начинают происходить необъяснимые события.