После того как на Землю обрушилась катастрофа, получившее название «Второй удар», большая часть человечества оказалась уничтожена. Долгие годы ушли на то, чтобы восстановить мир после ужасной катастрофы, когда восстановление было практически закончено, на человечество обрушилось новое бедствие – на людей начали нападать невиданные до этого существа, называющие себя Ангелами. Подросток Икари отправляется к своему отцу в город Токио 3, где расположена секретная военная организация. Икари предстоит сыграть важную роль в борьбе человечества и так называемых ангелов.