Академия Кросс славится строгими и странными порядками: ученики посещают занятия посменно. Днем - обычные студенты, после захода солнца - элитный ночной класс, холеные красавцы в ослепительной белой форме. Разумеется, школьникам не следует знать, что ночные учащиеся - вампиры. Для того, чтобы сохранить тайну и обеспечить безопасность дневного курса, приемные дети ректора академии (удочеренная им Юки и взятый на воспитание сирота Зеро) исполняют обязанности старост. От них требуется пресекать любые контакты учащихся разных потоков. А этого непросто добиться, ведь старшеклассниц так и тянет к прекрасным ночным студентам... да и вампиры не прочь поближе познакомиться со старшеклассницами!

15-летний разгильдяй Цукунэ Аоно завалил вступительные экзамены в старшую школу, куда поступили все его друзья. Пропал бы у парня целый год, но отцу в руки попало приглашение в некую Призрачную Академию, куда берут с любыми оценками. Счастливые родители тут же собрали сына в дорогу, а стоило бы подумать. Цукунэ это понял, когда автобус вынырнул из длинного туннеля в мир, достойный Лавкрафта, где красное небо, нет сотовой связи и летают говорящие мыши.

Более века организация «Хеллсинг» защищает Британскую империю от нежити. Заняв пост главы организации, Сэр Интегра Хеллсинг унаследовала и величайшее оружие против любых проявлений потустороннего мира вампира по имени Алукард.

Несколько сот лет назад человечество совершило большую ошибку, и ошибка эта обошлась слишком дорого. И случилась великая катастрофа, и прокатился по Земле Армагеддон, и те, кто остались в живых, позавидовали мертвым. Ибо вместе с бедами на нашу планету пришли некие таинственные существа. Но люди уже сталкивались в своем прошлом с подобными им, а потом новому и страшному врагу дали имя, взятое из легенд… ВАМПИРЫ! Однако круговорот природы неумолим и жесток в своей разумности. Люди едят коров и птиц. Вампиры пьют людскую кровь. Значит, возможно, где-то существует и тот, кто питается кровью вампиров! Чью сторону займет это существо? Какая судьба ждет его в мире, разрываемом на части войной вампиров и людей? Кто станет ему другом, а кто - смертельным врагом?

Со времен легендарного охотника на вампиров, профессора Ван Хелсинга, тайная организация Королевский Протестантских Рыцарей, унаследовавшая имя своего основателя — «Хеллсинг», успешно сражается с вампирами, оборотнями и прочей нечистью, на берегах туманного Альбиона. Сейчас во главе организации стоит хладнокровная Интегра, правнучка Ван Хелсинга.

Действие происходит на американской военной авиабазе Ёкота в послевоенной Японии, за несколько месяцев до начала вьетнамской войны. Главная героиня — девушка по имени Сайя, которая работает на некое секретное агентство правительства Соединённых Штатов, уничтожая демонов-вампиров с помощью катаны. Агенту Дэвиду становится известно о троих демонах, осевших в районе авиабазы Ёкота, и он внедряет Сайю в школу для детей работников базы под видом новой ученицы с заданием найти и уничтожить демонов.