Мультфильм об обитателях морских глубин, рассказывающий о том времени, когда океан покроет всю сушу. Последний в мире осьминог-гримпотевсис и его друзья, потерявшие в результате несчастного случая свой дом, вынуждены отправиться в долгое и опасное путешествие в поисках нового пристанища.

В прибрежных водах Нью-Йорка живет Кевин — маленькая летучая рыбка. Каждый день Кевин играет со своими друзьями и мечтает попасть на остров Барбадос, в королевство летучих рыб, но его родители считают эти мечты глупыми.
Однажды, чтобы похвастаться, он отправляется к подводной Скале Славы, достать фамильную реликвию семьи — огромную жемчужину, и попадает в рыболовные сети. Кевин вместе с драгоценностью отправляется в аквариум рыбного ресторанчика, где его ждет страшная судьба — стать изысканным деликатесом. Другие обитатели аквариума верят в то, что исчезающие рыбы становятся людьми, поэтому ждут с нетерпением, когда за ними придут. Для того, чтобы спасти своих новых друзей от смерти и вернуться домой с фамильной жемчужиной, Кевину предстоит показать всю свою храбрость.

Обычной рыбке-чистильщику Оскару до смерти надоела его обычная жизнь. Он работает на китомойке в Большом Рифе, живет в крохотной квартирке и вместе со всеми дрожит от нашествия акул. Ему хочется изменить свою жизнь к лучшему - стать богатым, знаменитым и значимым. И однажды он попадает в нужное время в нужное место. Все думают, что он выиграл схватку с акулой и Оскар решает получить максимальную выгоду от создавшегося положения. Но акулы похищают его подружку Энджи. Обман вот-вот раскроется…

Счастливая пара рыбок-клоунов переселяется в новый просторный дом-актинию на прекрасном рифе. Они уже отложили икру и мечтают о потомстве. Но океанские глубины таят в себе много опасностей, и стоит чуть-чуть зазеваться - быть беде. Рыбка Корал гибнет в зубах ужасного хищника, исчезают и все икринки. Все, кроме одной, которой суждено превратиться в маленького озорного Немо. Малек не слушает советов отца и из-за своей неосторожности попадает в руки человека. И тогда безутешный отец отправляется на поиски сына.