Фильм повествует о захватывающих приключениях Исимацу Мори, одном из самых преданных людей, пожалуй, самого известного и неординарного в Японии оябуна (босса якудза) Дзиротё из порта Симидзу.

Поколение Макото и Киёши потакает своим желаниям. Макото учится в средней школе. Однажды Киёши, университетский студент спасает её от нападения мужчины. На следующий день он встречается с ней, одновременно чуткий и жестокий настаивает на сексе, а потом бросает её. Неделю спустя она созванивается с ним. Когда Макото ожидает Киёши в баре, к ней обращаются два сутенёра. И снова Киёши спасает её. На этот раз их отношения завязываются по-настоящему. Макото сближается с Киёши, продолжает учёбу в школе. Однако скорая беременность Макото и короткое пребывание в тюрьме изменяют их отношения.

«Ночь и туман в Японии» — это фактически заснятый на пленку полуторачасовой спор студентов и преподавателей о злободневных политических вопросах. Но одновременно с политическими дебатами Осима раскрывает собственные сокровенные чувства. Размышления о том, каким должно быть студенческое движение 60-х годов, превращаются в рассказ о его собственной молодости.