Прошло два года с тех пор, как Вилли был выпущен на волю. Во время каникул Джесси с родителями отправляется на побережье, где люди часто видели одинокую косатку. Встреча старых друзей была радостной, но, к сожалению, недолгой: старый танкер сел на мель инефть, вытекающая из судна, поставила под угрозу жизнь Вилли и всех остальных обитателей океана.

Косатка, или как еще называют это огромное морское животное, кит-убийца, был разлучен со своей семьей. Люди доставили его в парк развлечений, дали имя Вилли и ожидали, что смогут заработать на его представлениях кучи денег. В то же время зритель знакомится с мальчишкой Джесси, сбежавшим из дома и добывающим хлеб насущный воровством и попрошайничеством. Джесси находит новых, добрых родителей и ему нужно стереть всякие не очень приличные надписи, которые он нарисовал спреем в парке. И там-то и происходит встреча трудного подростка и кита-убийцы. Они полюбили друг друга с первого взгляда. А злой владелец парка развлечений по имени Диал уже понял, что зря переводит деньги на непослушного Вилли, и хочет его убить, чтобы получить страховку.