Долгое время черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шредера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном, бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу.

Эйприл покупает в подарок Сплинтеру древний японский скипетр, но этот скипетр оказывается совсем не так прост, как казалось вначале. Вскоре выясняется, что он представляет собой своеобразный вариант машины времени, который был придуман японцами много веков назад. Скипетр переносит Эйприл в средневековую Японию, узнав об этом, черепашки решают отправиться за ней. Но вместо того чтобы попасть в храм, где должна находиться Эйприл, туннели времени отправляют черепашек в самую гущу средневекового сражения.

Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.