Действие происходит в вымышленной столице Мегакэтсити, населяют которую главным образом антропоморфные животные из семейства кошачьих, известные как кэтсы. Ченс Фёрлонг и Джейк Клоуcон — члены военизированной группировки в Мегакэтсити, называемой Энфорсеры. Во время преследования Дарк Кэта, их реактивный самолёт разбился, упав на штаб Энфорсеров. Из-за этого несчастного случая командующий Ферал отстранил их от выполнения служебных обязанностей. Ченс и Джейк должны были работать на свалке военных отходов до возмещения причинённых ими убытков. Используя хлам со свалки, они построили реактивный истребитель Турбокэт и приступили к патрулированию Мегакэтсити уже в качестве Котов быстрого реагирования.

Изменения грядут. Новая эра в развитии человечества началась. Это эра Детей Атома, хомо-супириарс, людей, обладающих странными и фантастическими способностями из-за своего измененного генетического кода. Многие из этих мутантов считают, что должны править миром, и что конфликт между ними и людьми неотвратим. Ненавидимые обществом, которое они поклялись защищать, другая группа мутантов стоит на защите мира от генетической войны. Они: Люди Икс.

Мультсериал больше ориентирован на взрослую публику, в отличии от предыдущих типичных мультфильмов про супергероев. Стремясь сделать его более «тёмным», создатели мультсериала превысили общепринятые границы мультфильмов в этом жанре: «Бэтмен: мультсериал» стал первым мультфильмом, в котором было изображено огнестрельное вместо лазерного оружия; Бэтмен на самом деле бил руками и ногами противников, также присутствовала кровь; в дополнение ко всему, многие фоны в мультсериале были нарисованы на чёрной бумаге (стиль ар-деко с очень тёмной гаммой цвета). По началу, создатели мультсериала Тимм и Радомски столкнулись с сопротивлением и недовольством со стороны руководства студии, но успех первого фильма Бёртона о Бэтмене оказал им хорошую поддержку, тогда была выпущена пилотная серия, которая, по словам Тимма «скинула много людей с наших спин».

Коты - Самураи это истории о приключениях тройки неразлучных друзей, Спиди, Гуидо и Полли. Во главе с полковником Эл`Данте и их координатором Франсин они защищают Маленький Токио и его жителей от козней Сырной Головы и его приспешников, который насылает роботов чтобы победить и уничтожить котов - самураев, а также захватить власть в свои руки и свергнуть императора Фреда и его дочь, принцессу Вай, которая фактически и управляет Маленьким Токио после того как императору удалили "зуб мудрости" и он сошёл с ума и не говорит ничего кроме своего имени. Но наши храбрые герои не дадут спуску врагу, и всегда защитят город и его жителей от надвигающейся беды и всегда побеждают врагов, чтобы жизнь в Маленьком Токио была спокойной и безопасной. А в свободное от ратных дел время наши друзья работают в пиццерии.

Обожаемая детьми во всем мире героическая четверка, полная неукротимой энергии, отправляется в мультприключения, расправляясь с негодяями, выслеживая злодеев и поглощая пиццу в безостановочном темпе.

Альтернативный мир. Сон Гоку — молодой воин, мастер боевых искусств, могущий превращаться в обезьяну-оборотня. Вместе с друзьями он задумал собрать вместе семь драконьих жемчужин — с их помощью можно вызвать дракона Шенлонга, который выполнит любое желание заклинателя. Однако после выполнения желания жемчужины рассеиваются по всему миру…

Сюжет мультсериала повествует о войне за территорию двух фракций живых роботов с планеты Кибертрон — Автоботов и Десептиконов. В ходе войны природные ресурсы их родной планеты Кибертрон исчерпываются. Чтобы выжить представителям обеих рас приходится бороздить космос в поисках новых ресурсов. Попав на планету Земля войска Оптимуса Прайма и Мегатрона продолжают свою борьбу в 1984 году, скрываясь от людей под камуфляжем доминирующей земной формы — машинной технике. Однако вскоре их война перестаёт быть тайной.