Эта история возвращает игроков к началу войны между людьми и Ковенантами и подводит к событиям, происходящим в игре Halo 4. В стенах военной академии Космического Командования Объединённых Наций (UNSC) группу курсантов знатного происхождения готовят стать следующим поколением солдат в надвигающейся войне между UNCS и повстанцами на колониальных планетах. Один из кадетов, Томас Ласки, ведет внутреннюю борьбу, преодолевая сомнения по поводу войны и опасения не оправдать высоких ожиданий командования. К тому моменту, как Ласки смирился со своей ролью будущего командира, ужасающее войско альянса Ковенант вторгается на планету и переворачивает привычный мир героя с ног на голову. Вдохновлённый подвигами Мастера Чифа, Ласки должен на собственном опыте узнать, что значит быть героем.

Команда исследователей таинственным образом переносится с Земли на огромный космический корабль под названием «Судьба». Этот корабль необитаем, много тысячелетий назад он был построен неземной цивилизацией. Корабль движется по заданному курсу, изменить этот курс невозможно, «Судьба» уносит исследователей все дальше и дальше от Земли, в глубины космоса, к некому неведомой цели. Вернуться на свою планету у них нет никакой возможности, теперь им придется жить на этом космическом корабле до самой смерти.